Dans ce jeu, Garrett met tout en œuvre pour lutter contre un ordre religieux nommé Les Mécanistes. Lors d'une de ses missions, il rencontrera Victoria, une ancienne receleuse qui lui a arraché un oeil lors du premier épisode. Celle-ci dit défendre les païens de l'oppression mécaniste. Garrett s'alliera à elle, mais sa mort l'obligera à continuer seul.

Au fil des missions, une angoisse vous prendra lentement à la gorge, car ormis le vol d'objet que vous pratiquerez couramment, des bruits de couloirs, des écrits, journaux intimes, courrier que vous découvrirez, vous laisseront entendre qu'un complot noir se trame..

La principale nouveauté offerte à Garrett dans cette suite, est la capacité à observer ses ennemis situés en pleine lumière sans être vu, même si ceux-ci sont derrière un coin, grâce à un oeil mécanique.

Les missions de ce nouvel opus sont bien plus variées, ainsi, certaines missions vous imposeront, selon le niveau de difficulté :

• de ne tuer que des gardes.
• de ne tuer personne.
• plus fort : de n'assommer personne.
• encore plus fort : de n'être jamais vu, et de n'assommer personne.

Violer les contraintes imposées par le niveau de difficulté met aussitôt fin au jeu.